User:Alexander S Mikheyev/Notebook/rotifer alien genes/2010/03/23

From OpenWetWare
Jump to navigationJump to search
Alien genes Main project page
Previous entry      Next entry

Alien Gene LongPCR

Amplification of TEL_L_A & B

' [CONC] 1X 26 '
Water 5.3 137.8
Takara LA Taq 5U 0.1 2.6
Takara LA Buffer 10X 1 26
dNTP 2.5uM each 1.6 41.6
*Template 1ng 1 26
Primer Mix 5uM each 1
10.0ul 234 9.0ul/RXN
add 1.0 Primer Mix
* AV or CCA3
PCR Cycle
94C 1 min
98C 10 sec
65C 15 min
30X
AMP Lane Template MIX Contents ' Size Fosmid
1 AV 82 AV10091 FWD AV10094 RVS 15950 AV TEL L A
2 AV 83 AV10091 FWD AV10095 RVS 18011 AV TEL L A
3 AV 84 AV10092.2 FWD AV10093.3 RVS 3000 AV TEL L A
4 AV 85 AV10092.2 FWD AV10094 RVS 7036 AV TEL L A
5 AV 86 AV10092.2 FWD AV10095 RVS 10126 AV TEL L A
6 AV 87 AV10092.2 FWD AV10098 RVS 16524 AV TEL L A
7 AV 88 AV10092.2 FWD AV10099 RVS 19601 AV TEL L A
8 AV 89 AV10092.2 FWD AV10100 RVS 21305 AV TEL L A
9 AV 90 AV10093 FWD AV10094 RVS 4288 AV TEL L A
10 AV 91 AV10093 FWD AV10095 RVS 6354 AV TEL L A
11 AV 92 AV10093 FWD AV10098 RVS 12752 AV TEL L A
12 AV 93 AV10093 FWD AV10099 RVS 15829 AV TEL L A
13 AV 94 AV10093 FWD AV10100 RVS 17263 AV TEL L A
14 AV 95 AV10093.2 FWD AV10094 RVS 4311 AV TEL L A
15 AV 96 AV10093.2 FWD AV10095 RVS 6377 AV TEL L A
16 AV 97 AV10093.2 FWD AV10098 RVS 12775 AV TEL L A
17 AV 98 AV10093.2 FWD AV10099 RVS 15852 AV TEL L A
18 AV 99 AV10093.2 FWD AV10100 RVS 17286 AV TEL L A
19 AV 100 AV10094 FWD AV10095 RVS 2248 AV TEL L A
20 AV 101 AV10094 FWD AV10100 RVS 13617 AV TEL L A
21 AV 102 AV10095 FWD AV10098 RVS 6569 AV TEL L A
22 AV 103 AV10095 FWD AV10099 RVS 9646 AV TEL L A
23 AV 104 AV10095 FWD AV10100 RVS 11080 AV TEL L A
24 AV 105 AV10098 FWD AV10099 RVS 3329 AV TEL L A
25 AV 106 AV10098 FWD AV10100 RVS 4763 AV TEL L A
26 AV 107 AV10100 FWD AV0104 FWD ? AV TEL L A&B
27 AV 108 AV10084 FWD AV10091 RVS 23940 AV TEL L A
28 CCA3 82 AV10091 FWD AV10094 RVS 15950 AV TEL L A
29 CCA3 83 AV10091 FWD AV10095 RVS 18011 AV TEL L A
30 CCA3 84 AV10092.2 FWD AV10093.3 RVS 3000 AV TEL L A
31 CCA3 85 AV10092.2 FWD AV10094 RVS 7036 AV TEL L A
32 CCA3 86 AV10092.2 FWD AV10095 RVS 10126 AV TEL L A
33 CCA3 87 AV10092.2 FWD AV10098 RVS 16524 AV TEL L A
34 CCA3 88 AV10092.2 FWD AV10099 RVS 19601 AV TEL L A
35 CCA3 89 AV10092.2 FWD AV10100 RVS 21305 AV TEL L A
36 CCA3 90 AV10093 FWD AV10094 RVS 4288 AV TEL L A
37 CCA3 91 AV10093 FWD AV10095 RVS 6354 AV TEL L A
38 CCA3 92 AV10093 FWD AV10098 RVS 12752 AV TEL L A
39 CCA3 93 AV10093 FWD AV10099 RVS 15829 AV TEL L A
40 CCA3 94 AV10093 FWD AV10100 RVS 17263 AV TEL L A
41 CCA3 95 AV10093.2 FWD AV10094 RVS 4311 AV TEL L A
42 CCA3 96 AV10093.2 FWD AV10095 RVS 6377 AV TEL L A
43 CCA3 97 AV10093.2 FWD AV10098 RVS 12775 AV TEL L A
44 CCA3 98 AV10093.2 FWD AV10099 RVS 15852 AV TEL L A
45 CCA3 99 AV10093.2 FWD AV10100 RVS 17286 AV TEL L A
46 CCA3 100 AV10094 FWD AV10095 RVS 2248 AV TEL L A
47 CCA3 101 AV10094 FWD AV10100 RVS 13617 AV TEL L A
48 CCA3 102 AV10095 FWD AV10098 RVS 6569 AV TEL L A
49 CCA3 103 AV10095 FWD AV10099 RVS 9646 AV TEL L A
50 CCA3 104 AV10095 FWD AV10100 RVS 11080 AV TEL L A
51 CCA3 105 AV10098 FWD AV10099 RVS 3329 AV TEL L A
52 CCA3 106 AV10098 FWD AV10100 RVS 4763 AV TEL L A
53 CCA3 107 AV10100 FWD AV0104 FWD ? AV TEL L A&B
54 CCA3 108 AV10084 FWD AV10091 RVS 23940 AV TEL L A


Load 1.0ul sample

Alien Genes New Primer Screen

Reaction mixture conc. 1x x97 ' No. Primer mix
Temp (37 - 48) ?? 2 1 AV10134
TopTaq Buffer 10x 1 97 2 AV10121
dNTP mix 10 mM each 0.8 77.6 3 AV10084
Primer mix 5 uM each 0.5 4 AV10045
TopTaq 5 U/ul 0.05 4.85 5 AV10044
Milli Q 5.65 548.05 6 AV10034
10 ul 7 AV10027
8 AV10025
PCR cycle (2 STEP) TaKaRa Dice
94C 3 min No. Sample
37 Tsukuba 3 D2
98C 10 sec 38 Tsukuba 3D3
60C 1 min 39 Tsukuba 3D4
x35 40 Woods Hole 1A6
41 Woods Hole 1C2
72C 5 min 42 Woods Hole 1C3
43 YokohamaB5
44 BaltimoreA3
45 BaltimoreA6
46 E. WindsorD4
47 HarvardA1
48 Ithaca 2A6

Loaded 2.0ul of each sample

Retrieved from "https://openwetware.org/mediawiki/index.php?title=User:Alexander_S_Mikheyev/Notebook/rotifer_alien_genes/2010/03/23&oldid=1003739"