User:Lindenb/Notebook/UMR915/2012/03/08

From OpenWetWare

Jump to: navigation, search
Project name Main project page
Previous entry      Next entry

Daily

GATK

doc: https://www.dropbox.com/s/3c2efmdyu4j9x8j/kvg_20_line_lifesavers_mad_v2.pptx.pdf

cloning:

$ git clone http://github.com/broadgsa/gatk.git GATK.dev

requires:

http://code.google.com/p/cofoja/

before/after picard AddOrReplaceReadGroups

before

/samtools view -h  ~/package/samtools-0.1.18/examples/ex1.bam | head
@SQ	SN:seq1	LN:1575
@SQ	SN:seq2	LN:1584
B7_591:4:96:693:509	73	seq1	1	99	36M	*	0	0	CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG	<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7	MF:i:18	Aq:i:73	NM:i:0	UQ:i:0	H0:i:1	H1:i:0
EAS54_65:7:152:368:113	73	seq1	3	99	35M	*	0	0	CTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGT	<<<<<<<<<<0<<<<655<<7<<<:9<<3/:<6):	MF:i:18	Aq:i:66	NM:i:0	UQ:i:0	H0:i:1	H1:i:0
EAS51_64:8:5:734:57	137	seq1	5	99	35M	*	0	0	AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC	<<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5	MF:i:18	Aq:i:66	NM:i:0	UQ:i:0	H0:i:1	H1:i:0
B7_591:1:289:587:906	137	seq1	6	63	36M	*	0	0	GTGGCTCATTGTAATTTTTTGTTTTAACTCTTCTCT	(-&----,----)-)-),'--)---',+-,),''*,	MF:i:130	Aq:i:63	NM:i:5	UQ:i:38	H0:i:0	H1:i:0
EAS56_59:8:38:671:758	137	seq1	9	99	35M	*	0	0	GCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGG	<<<<<<<<<<<<<<<;<;7<<<<<<<<7<<;:<5%	MF:i:18	Aq:i:72	NM:i:0	UQ:i:0	H0:i:1	H1:i:0
EAS56_61:6:18:467:281	73	seq1	13	99	35M	*	0	0	ATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCCTGGCCCA	<<<<<<<<;<<<8<<<<<;8:;6/686&;(16666	MF:i:18	Aq:i:39	NM:i:1	UQ:i:5	H0:i:0	H1:i:1
EAS114_28:5:296:340:699	137	seq1	13	99	36M	*	0	0	ATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGGCCCAG	<<<<<;<<<;<;<<<<<<<<<<<8<8<3<8;<;<0;	MF:i:18	Aq:i:73	NM:i:0	UQ:i:0	H0:i:1	H1:i:0
B7_597:6:194:894:408	73	seq1	15	99	35M	*	0	0	TGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATTGCCCAGC	<<<<<<<<<7<<;<<<<;<<<7;;<<<*,;;572<	MF:i:18	Aq:i:43	NM:i:1	UQ:i:9	H0:i:0	H1:i:1

after

@HD	VN:1.0	SO:unsorted
@SQ	SN:seq1	LN:1575
@SQ	SN:seq2	LN:1584
@RG	ID:1	PL:illumina	PU:testunit	LB:test.lib	SM:test.sample
B7_591:4:96:693:509	73	seq1	1	99	36M	*	0	0	CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG	<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7	H0:i:1	H1:i:0	MF:i:18	RG:Z:1	NM:i:0	UQ:i:0	Aq:i:73
EAS54_65:7:152:368:113	73	seq1	3	99	35M	*	0	0	CTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGT	<<<<<<<<<<0<<<<655<<7<<<:9<<3/:<6):	H0:i:1	H1:i:0	MF:i:18	RG:Z:1	NM:i:0	UQ:i:0	Aq:i:66
EAS51_64:8:5:734:57	137	seq1	5	99	35M	*	0	0	AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC	<<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5	H0:i:1	H1:i:0	MF:i:18	RG:Z:1	NM:i:0	UQ:i:0	Aq:i:66
B7_591:1:289:587:906	137	seq1	6	63	36M	*	0	0	GTGGCTCATTGTAATTTTTTGTTTTAACTCTTCTCT	(-&----,----)-)-),'--)---',+-,),''*,	H0:i:0	H1:i:0	MF:i:130	RG:Z:1	NM:i:5	UQ:i:38	Aq:i:63
EAS56_59:8:38:671:758	137	seq1	9	99	35M	*	0	0	GCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGG	<<<<<<<<<<<<<<<;<;7<<<<<<<<7<<;:<5%	H0:i:1	H1:i:0	MF:i:18	RG:Z:1	NM:i:0	UQ:i:0	Aq:i:72
EAS56_61:6:18:467:281	73	seq1	13	99	35M	*	0	0	ATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCCTGGCCCA	<<<<<<<<;<<<8<<<<<;8:;6/686&;(16666	H0:i:0	H1:i:1	MF:i:18	RG:Z:1	NM:i:1	UQ:i:5	Aq:i:39


Personal tools