User:Lindenb/Notebook/UMR915/2012/03/08
From OpenWetWare
 Project name
|
 Main project page Previous entry Next entry
|
DailyGATKdoc: https://www.dropbox.com/s/3c2efmdyu4j9x8j/kvg_20_line_lifesavers_mad_v2.pptx.pdf cloning: $ git clone http://github.com/broadgsa/gatk.git GATK.dev requires: http://code.google.com/p/cofoja/ <html><script src="https://gist.github.com/2001488.js"> </script></html> before/after picard AddOrReplaceReadGroupsbefore /samtools view -h ~/package/samtools-0.1.18/examples/ex1.bam | head @SQ SN:seq1 LN:1575 @SQ SN:seq2 LN:1584 B7_591:4:96:693:509 73 seq1 1 99 36M * 0 0 CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG <<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7 MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 EAS54_65:7:152:368:113 73 seq1 3 99 35M * 0 0 CTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGT <<<<<<<<<<0<<<<655<<7<<<:9<<3/:<6): MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 EAS51_64:8:5:734:57 137 seq1 5 99 35M * 0 0 AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC <<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5 MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 B7_591:1:289:587:906 137 seq1 6 63 36M * 0 0 GTGGCTCATTGTAATTTTTTGTTTTAACTCTTCTCT (-&----,----)-)-),'--)---',+-,),''*, MF:i:130 Aq:i:63 NM:i:5 UQ:i:38 H0:i:0 H1:i:0 EAS56_59:8:38:671:758 137 seq1 9 99 35M * 0 0 GCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGG <<<<<<<<<<<<<<<;<;7<<<<<<<<7<<;:<5% MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 EAS56_61:6:18:467:281 73 seq1 13 99 35M * 0 0 ATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCCTGGCCCA <<<<<<<<;<<<8<<<<<;8:;6/686&;(16666 MF:i:18 Aq:i:39 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1 EAS114_28:5:296:340:699 137 seq1 13 99 36M * 0 0 ATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGGCCCAG <<<<<;<<<;<;<<<<<<<<<<<8<8<3<8;<;<0; MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 B7_597:6:194:894:408 73 seq1 15 99 35M * 0 0 TGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATTGCCCAGC <<<<<<<<<7<<;<<<<;<<<7;;<<<*,;;572< MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:1 UQ:i:9 H0:i:0 H1:i:1 after @HD VN:1.0 SO:unsorted @SQ SN:seq1 LN:1575 @SQ SN:seq2 LN:1584 @RG ID:1 PL:illumina PU:testunit LB:test.lib SM:test.sample B7_591:4:96:693:509 73 seq1 1 99 36M * 0 0 CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG <<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7 H0:i:1 H1:i:0 MF:i:18 RG:Z:1 NM:i:0 UQ:i:0 Aq:i:73 EAS54_65:7:152:368:113 73 seq1 3 99 35M * 0 0 CTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGT <<<<<<<<<<0<<<<655<<7<<<:9<<3/:<6): H0:i:1 H1:i:0 MF:i:18 RG:Z:1 NM:i:0 UQ:i:0 Aq:i:66 EAS51_64:8:5:734:57 137 seq1 5 99 35M * 0 0 AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC <<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5 H0:i:1 H1:i:0 MF:i:18 RG:Z:1 NM:i:0 UQ:i:0 Aq:i:66 B7_591:1:289:587:906 137 seq1 6 63 36M * 0 0 GTGGCTCATTGTAATTTTTTGTTTTAACTCTTCTCT (-&----,----)-)-),'--)---',+-,),''*, H0:i:0 H1:i:0 MF:i:130 RG:Z:1 NM:i:5 UQ:i:38 Aq:i:63 EAS56_59:8:38:671:758 137 seq1 9 99 35M * 0 0 GCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGG <<<<<<<<<<<<<<<;<;7<<<<<<<<7<<;:<5% H0:i:1 H1:i:0 MF:i:18 RG:Z:1 NM:i:0 UQ:i:0 Aq:i:72 EAS56_61:6:18:467:281 73 seq1 13 99 35M * 0 0 ATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCCTGGCCCA <<<<<<<<;<<<8<<<<<;8:;6/686&;(16666 H0:i:0 H1:i:1 MF:i:18 RG:Z:1 NM:i:1 UQ:i:5 Aq:i:39 | |
