Biomod/2013/Komaba/Journal

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Note

Please write here what you did or what happened in your task. Here you are free to use Japanese, but remember to put English summary at the end. By the deadline of BIOMOD wiki freeze we will translate all the document here into English. It is recommended to record the event details and the names of all members who took part in the event.

13/9/20

  • AFM: 横川 西脇 石村(途中から合流)

AFMでシリンダーとリングを確認しました。シリンダーは上手く出来ていましたがなぜかサイズが予想よりも2倍程度大きいです。 リングは合成がうまく行っていませんでした。松原さんいわく壊れ方から推測するに、合成過程でのミスではなく設計レベルのミスではないかということです。

13/9/19

  • 本郷チーム(旧理論班)

長いscaffold(p8634)の入手が難しいため、新しいバージョンのシリンダー+リングではM13mp18を使う。予定よりscaffoldの長さが短いため、構造を小さくせざる負えず、回転数が以前の一回転から4/5回転に変更。

スパイダーの足の配列を考慮して、common footing、common probe, start probe, end probe, start footing, end footing, ringからはえるprobe,の配列を決定。この配列に問がないことをNUPACKで確認。加えて、DNAmeltでTmを求めた。しかし、宮崎から論文をまだチェックしていないので、これから読むよてい。

今まで知らなかったことだが、M13のscaffoldは環状構造をとっている。なので、シリンダーとリングは二本のDNA鎖で繋がれていることになる。つまり、酵素は2ついることになる。現在、その酵素を探している段階である。週末までには終わらせたい。これが終わり、加えて現在の実験のデータが揃えば、発注できる。

  • アニーリング:西脇 横川

シリンダーとリングのサンプルを新たに作り直しました。m13がなくなってしまったので新たに購入する必要があります。

13/9/18

  • 小ミーティング:西脇 中島 横川

駒場で小規模なミーティングが行われました。YouTubeのストーリーについて話し合われました。

13/9/17

  • ミーティング:全員

全体ミーティングを行いました。グループの解体、スケジューリング、マテリアルの注文、駒場・本郷で各自できる限り毎日ミーティング行うことなどが決められました。

  • 電気泳動続き:泳動開始まで 横川 近藤 西脇 泳動後 中島 西脇

前回作成したゲルで泳動を行いました

  • シリンダー+リング設計: 福原

scaffoldであるM13p8634はどうやら他の研究室に頼んで作ってもらう必要があるらしく、購入はできない模様。なので、購入可能なM13MP18(p8634よりも短い)で作れるよう、シリンダー+リング構造を変化させた。川又さんにおくってチェックしてもらう予定。 追加:BIOMOD2011に参加していてp8634を使っていたドイツのチームにコンタクトを取ったところ、p8634を送ってもいいといわれました。ただ、届くのに1~2週間かかる見込み。


  • スパイダー設計&発注: Wang

二つのバージョンのスパイダーを作成しばくちさんに発注を頼んだ

  • Wiki:近藤

プロトコルを追加しました。

13/9/14

  • 電気泳動:横川 西脇 (途中から:近藤)

AFMができなかったので、代わりに電気泳動をして、サンプルが壊れていないかチェックしました。 ただしこれも途中でゲルがうまく作れなかったため、ゲルの作成だけ終わらせて9/16に泳動の続きを行うことにしました。

Electrophoresis. Something being wrong, we postpone the experiment to the next monday.

  • ジャーナル作成:中島 西脇

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13/9/13

  • AFM実験:近藤 中島 西脇 横川

AFM不調が動かなかったため実験はできませんでした。週末に松原さんが実験してくれるそうです。

AFM. AFM didn't work, so we'll wait for Matsubara-san to send us the results (maybe on Sunday or Monday)

13/9/11

  • アニーリング:中島 西脇 横川

シリンダーとリングのアニーリングを行いました。それぞれ一番はじめのバージョン(何も装飾されていないバージョン)です。

Annealing Cylinders and Rings

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