IGEM:Tokyo/2008/ideas/personal ideas

ここは日々考える作ってみたいものを思ったままにメモ代わりに書き込むページです。あまり他人に伝えようという意思は出さずにただ忘れないためだけに書くので内容は気にしないでください。

I）マジなocsillatorを作ってみたい。Elowitzのrepressilatorや06 Imperial/08 TaipeiのPrey and Predatorモデルとは違い、単純なautoregulatory proteinを使ったもの。

必要なもの：

核になるautoregulator。Required properties include being a transcriptional regulator, extremely short(for short periods) half-life, fast and efficient repression of transcription, and the ability to create a distinguished amplitude of oscilation.

1) 転写因子（またはそれに代用できるもの）

2) 短い半減期（または分解を促進可能）

3) 高い振幅が作りだせるほどの転写抑制効率と不在の時の転写促進能力

これでoscillation自体は作れると思う。Maturationが早い蛍光たんぱくとのfusionでもいいし、存在がすぐ確認できるレポーターでもいい（luciferase? pigmentation?)

問題はそのあとにどうやって細胞集団を同調させるか、あるいはさせないで意味のある機能を持たせるか。 短い周期が欲しいならAHLなどの分泌性蛋白質は不向き⇒inductionを超一過性にできないか？Threshold sensorにnegative feedback+positive feedback両方をつけることで一回activateされたらしばらくはactivateできないシステムをつくる。 これだとDiffusion rate も考慮にいれないといけない。

他のsynchronizationの方法を考えよう。 ホタルに学んで光応答性のシンクロは出来ないだろうか。そもそもホタルのシンクロはどういうメカニズムで行われてるのか知られてなさそうだ。

心臓のペースメーカーはelectric pulseでシンクロを行っている。これは・・・難しそう？

quorum sensing- is this really unfeasible? eg strong autorepression when AHL is present.

how about a notch-delta like pathway?

endogenousなoscillator使うのはどうだろう。

細胞増殖が与える影響もわからない。増殖させない状態でどれだけタンパク質合成の速度が落ちるかも不安。

luciferase reaction requires luciferase, luciferin, oxygen, and ATP. The only step that bacteria will probably be able to control is the production of luciferase. Therefore create a tagged version (for short HL) of luciferase as a reporter for this assay?

時計遺伝子とかで制御できると面白いかもね。