Phys 10. 박효진(Hyo jin Park)

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논문공부

7.1(Wednesday)

Maximizing DNA Loading on a Range of Gold Nanoparticle Sizes

http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ac0613582

  • 논문 주요내용
  1. Spacer란 반복유전자에서 유전자끼리 직접 인접하지않고 비발현부분을 사이에 두고 연결되어 있는데 이 비발현부분을 Spacer이라고 한다.
  2. Alkanethiol Oligonucleotide-Modified된 금나노 입자를 제조
  3. 금 나노 입자에 Alkanethiol Oligonucleotides Loaded 의 정량화


  • 금에다가 DNA를 붙이는 방법에 대해 공부함

Image:bm2.png

  1. Gold nanoparticle을 염석과정을 실온에서 밤새 배양하여 수행한다.
  2. 과량의 올리고 뉴클레오티드를 제거하기위해, Gold nanoparticles은 원심분리하고, 상등액을 하단에 Gold nanoparticle의 펠릿에 두고 제거 하였다. 입자는 0.01% SDS 에 재부유 하였다. 이 세척과정은 총 다섯 상등액제거 를 반복 하였다.
  3. DTT과정에 대해서는 조금 더 팀원들과 의논해서 알아봐야 할 것 같다.

6.29(Monday)

Recent progress on DNA based walkers

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166914002055

  • 논문 주요내용
  1. DNA based synthetic molecular walkers are reminiscent of biological protein motors. They are powered by Hybridization with fuel strands, environment induced conformational transitions, and covalent chemistry of oligonucleotides.
  2. The functionalities of state-of-the-art DNA walker systems can thus be analyzed for various applications.
  3. This is the paper to review recent progress on DNA walker principles and characterization methods, and evaluate various aspects of their functions for future applications.


  • 배운 내용
  1. DNA walker에서 toehold 의 유무에 따라 strand가 가지는 운동이 더 크고 작아짐을 알 수 있었다.
  2. DNA walker에서 에너지가 안정한 상태로 가기위한 움직임은 Spontaneous reaction에 의해 일어나고 에너지가 더 불안정한곳으로 가기위한 움직임은 연료가닥을 넣어줌으로써 움직인다는 것을 알 수 있었다.

Image:bm1.png
사진출처 : http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166914002055

1.16(T.G.I Friday)

DNA Origami Design of Dolphin-Shaped Structures with Flexible Tails

http://dx.doi.org/10.1021/nn800215j

  • 논문의 주요내용
  1. It was demonstrated that different designs of the dolphin tail region provided various levels of flexibility in a predictable fashion.
  2. They show that the addition of specific attachment sites promotes dimerization between two independently self-assembled dolphin structures, and that these interactions stabilize the flexible tail.
  3. this dolphin shape has specific features that made it interesting for a thorough investigation of the flexibility of the narrow tail region.


  • 배운내용
  1. DNA Origami를 이용하여 유연성이 있는 꼬리부분을 가진 돌고래모양의 구조체를 만들 수 있다.
  2. 이 돌고래모양은 유연한 좁은 꼬리부분을 가졌다는것이 특별한 특징으로 철저한 연구동안 돌고래모양에 흥미로운점을 주었던 것이다.
  3. 이 유연성은 작은 유연성의 구조체로 구성되는것의 확장으로 나노크기로봇의 팔이나 나노크기의 캔틸래버와 같은 미래에 DNA Origami 디자인으로 개발될 수 있다.
  4. Figure 5의 그림에서 1번 고래의 등과 2번고래의 아랫부분은 T-extensions로 그리고 1번고래의 아랫부분과 2번고래의부분의 등부분은 sticky ends로 되어있는데 sticky ends부분에 의해 30분간 37도씨에서 두마리는 이량화될수있다.

<nn-2008-00215j_0006.gif>
사진 출처 : http://dx.doi.org/10.1021/nn800215j

  1. 첫번째그림 tail as up(u)
  2. 두번째 그림 tail as normal(n)
  3. 세번째 그림 tail as down(d)


  • 더 알고 싶은 내용
  1. Crossover in tail seam에 관한 내용


  • 논문의 그림만 따로 파워포인트를 이용해 BOX에 올려놓았습니다.


1.3(Sat)

Complex shapes self-assmbled from single-stranded DNA tiles

http://www.nature.com/nature/journal/v485/n7400/full/nature11075.html#close

  • 논문의주요내용
  1. Main design feature is a self-assembled rectangle that serves as a molecular canvas, with each of its constituent SST strands─folded into a 3 nm-by-7 nm tile and attached to four neighbouring tiles─acting as a pixel.
  2. A desired shape, drawn on the canvas, is then produced by one-pot annealing of all those strands that correspond to pixels covered by the target shape; the remaining strands are excluded.

<nature11075-f1.2.jpg>
사진출처 : http://www.nature.com/nature/journal/v485/n7400/full/nature11075.html#close

  • 배운내용
  1. 10.5개의 베이스로 이루어진 하나의 도메인이 총 4개가 연결되어 42개의 베이스를 이루고있다.
  2. 외가닥 DNA를 이용하여 "Brick-wall"을 만들어 낼 수 있다.
  3. 2차원 외가닥 구조에서 맨 아래와 맨위의 가닥을 이어줌으로써 tube 즉 3차원 구조를 만들어 낼 수 있다.
  4. 캔버스를 이용하여 자가조립을 시키고 원하지 않는 부분은 남겨둠으로써 사라지게 만들어서 원하는 2차원 구조를 만들어 낼 수 있다.
  5. 이렇게 만들어진 2차원 구조들은 한곳에 섞어놓아도 서로 섞이지 않는다.


  • 더 알고싶은 내용
  1. 측정기법의 종류와 설명



활동사항

7.28(Tuesday) ~ 8.1 (Saturday)

부산과학기술협의회봉사실시

  • 활동 및 주의사항

-주로 초등학생들 수업보조를 맡음.
-첫날 08:30 출근 나머지는 09:00분까지 출근
-출근과 동시에 4층으로 가서 담당직원분을 만나서 그날 해야할 오전 오후 일을 배정받음(수업보조or행정업무)
-배정받은후 2,3,4층 복도창문 교실 창문을 개방하여 환기 실시
-마치고나면 9:40분 수업보조or행정업무 하기전까지 잡일을 시키심 (이때 창문열고 어디 짱박혀있다가 9:40분되면 자신이 맡은 수업 보조들어가는게 잡일 안하는 요령) 사람들이 눈에 보이면 시키고 눈에 보이지 않으면 우리 담당하시는분도 바빠서 신경안쓰심
-09:40분에 수업보조를 들어가면 담당 수업 강사분에게 어떤수업인지 대충 설명듣고 부탁하시는 일 맡아서 하면됨
-수업은 어려운편이 아니어서 보면 따라갈수있고 애들 가르쳐주고 할수있을 정도.
-11:50 쯤에 오전수업이 끝나고 애들 나가고난뒤 교실 뒷정리 조금 하고 점심먹으러감
-점심먹는곳에 계시는 식당 아주머님 조심.. 들어가서 해야할일
1. 인사하기 (인사성없다고 막 뭐라하심) 2. 음식 남기지않기 그리고 밥다먹은뒤 식판 아주머님께 가져다 드리기(싱크대있는곳으로) 3. "잘먹었습니다." 필수 수고하세요도 하면좋음 인사를 잘해야함...안하면 혼남
-점심을 먹고 12:40분까지는 개인시간을 가지고 12:40분에 배정받은 일을 한다.(수업보조, 사무업무)
-12:40 부터 오전일과와 마찬가지로 자신이 해야할 일을 시작함
-15:00분에 수업이 끝나고 수업보조의 경우 대충 뒷정리를 한후 4층으로가서 담당직원에게 수업이 끝마쳤다고 보고
-그이후 이제 퇴근해도된다고 할때까지 잡일 또는 행정업무를 같이하게된다.

  • 느낀점

-일단 날씨때문에 너무 더웠고 교실안은 에어컨으로 좀 시원하지만 복도나 밖은 엄청 덥고 폐교에 지은곳이다 보니 엘리베이터가 없어서 4층까지 왔다갔다 엄청 힘듬. 수업보조의 경우 몇몇 산만한 아이들때문에 정신없고 또 한명한명 못따라가는애들 다챙겨주면 엄청 힘듬 의외로 혼자서도 잘하는 친구가있으면 그친구들에게 못따라가는 친구들을 좀 도아주라고 하는것도 요령! 행정업무는 해보지않아서 잘모르겠지만 잡일같은경우 어차피 17:00 까지 활동하기로 되있으므로 그때 집에간다고 생각하고 천천히 다안끝내면 다음날 하거나 그냥 짬되는일이 많으므로 급하게 하지 않고 마음을 비우고 천천히 하면됨.


7.4(Saturday)

아이디어회의

  • 모임시간 -10:00, 장소 오호관4층센터

Image:아이디어.jpg

  • 회전하는 구조체

-금속으로 뜨기가 힘들꺼같다는 생각이듬
-DNA Structure와 어떻게 조합을 시킬지가 문제

7.3(Friday)

아이디어회의

  • 물리학과에 문의해 5221 전산실을 모임하는 장소로 쓰기로함
  • 아이디어 구체화


7.2(Thursday)

BIOMOD 2nd MTG

  • 세밀하게 조사해야 할 것
  1. 나노사이즈도 유체역학적인 거동이 농도에 따라 달라지는지
  2. 실험에 필요한 재료/기기들 알아볼 것


7.1(Wednesday)

아이디어회의

  • 모임시간 - 13:00, 장소 - 오호관 4층 센터
  • 어떠한 모터에서 방향성을 가질 수 있는 구조체에 대해 공부하고 아이디어를 냈음
  • 적극적인 회의참석을 위해서 내일부터 노트북을 챙겨다녀야겠다고 생각이 들었음


6.30(Tuesday)

아이디어회의

  • 예비군으로 인한 모임 불참석


6,29(MON)

Contacting with sponsor

  • 방학 수행 업무 관련 문의전화 시간지정 요망


-->연락을 해준다고함.

아이디어회의

  • 본격적인 아이디어 도출, 아이디어 방향 설정 및 구체화

Searching flight information

  • 일본항공, 1회경유(도쿄나리타)(2시간30분 연결, 2시간 55분 연결), 가격 Expedia기준 1,440,272.25원
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