User:Lindenb/Notebook/UMR915/20101006

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Charpak

continue dev. http://code.google.com/p/code915/source/detail?r=269

created a nice jsp custom tag looking into Wikipedia

Testing Varscan

 samtools pileup -f hg18/chr1.fa chr1.sorted.bam > chr1.pileup

pileup2snp

   java -jarVarScan.v2.2.2.jar  pileup2snp chr1.pileup > chr1.varscan
 head -n 3 chr1.varscan | java -jar verticalize.jar  | sed 's/^/  /'
 >>2
 $1 Chrom : chr1
 $2 Position : 51
 $3 Ref : A
 $4 Var : C
 $5 Reads1 : 185
 $6 Reads2 : 2
 $7 VarFreq : 1.07%
 $8 Strands1 : 2
 $9 Strands2 : 1
 $10 Qual1 : 32
 $11 Qual2 : 30
 $12 Pvalue : 0.98
 $13 MapQual1 : 1
 $14 MapQual2 : 1
 $15 Reads1Plus : 119
 $16 Reads1Minus : 66
 $17 Reads2Plus : 0
 $18 Reads2Minus : 2
 $19 ? : C
 <<2
 >>3
 $1 Chrom : chr1
 $2 Position : 53
 $3 Ref : C
 $4 Var : T
 $5 Reads1 : 231
 $6 Reads2 : 5
 $7 VarFreq : 2.12%
 $8 Strands1 : 2
 $9 Strands2 : 2
 $10 Qual1 : 33
 $11 Qual2 : 33
 $12 Pvalue : 0.98
 $13 MapQual1 : 1
 $14 MapQual2 : 1
 $15 Reads1Plus : 156
 $16 Reads1Minus : 75
 $17 Reads2Plus : 2
 $18 Reads2Minus : 3
 $19 ? : T
 <<3

pileup2indel

 java -jarVarScan.v2.2.2.jar  pileup2indel chr1.pileup > chr1.varscan
 head -n 3 chr1.varscan | java -jar /home/lindenb/src/lindenb/build/verticalize.jar  | sed 's/^/  /'
 
 >>2
 $1 Chrom : chr1
 $2 Position : 439
 $3 Ref : A
 $4 Var : -C
 $5 Reads1 : 8
 $6 Reads2 : 2
 $7 VarFreq : 20%
 $8 Strands1 : 2
 $9 Strands2 : 1
 $10 Qual1 : 30
 $11 Qual2 : 26
 $12 Pvalue : 0.98
 $13 MapQual1 : 1
 $14 MapQual2 : 1
 $15 Reads1Plus : 4
 $16 Reads1Minus : 4
 $17 Reads2Plus : 0
 $18 Reads2Minus : 2
 $19 ? : DEL-1-C
 <<2
 >>3
 $1 Chrom : chr1
 $2 Position : 2737
 $3 Ref : C
 $4 Var : -T
 $5 Reads1 : 20
 $6 Reads2 : 2
 $7 VarFreq : 9.09%
 $8 Strands1 : 2
 $9 Strands2 : 1
 $10 Qual1 : 33
 $11 Qual2 : 33
 $12 Pvalue : 0.98
 $13 MapQual1 : 1
 $14 MapQual2 : 1
 $15 Reads1Plus : 16
 $16 Reads1Minus : 4
 $17 Reads2Plus : 2
 $18 Reads2Minus : 0
 $19 ? : DEL-1-T
 <<3
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