User:Margarida Gama-Carvalho/Notebook/Undergrad teaching/2010/03/16: Difference between revisions
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== | ===Sequenciação de DNA=== | ||
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====Introdução==== | |||
As sequências de genes e mRNAs com que temos vindo a trabalhar foram obtidas experimentalmente com base na técnica de sequênciação de DNA desenvolvida nos anos 70 por Fred Sanger. | |||
A seguinte animação explica o funcionamento da técnica: | |||
[http://www.dnalc.org/resources/animations/sangerseq.html Sanger sequencing ] | |||
Actualmente utiliza-se uma versao mais moderna que recorre a DNA polimerases termoestáveis e nucleótidos fluorescents, permitindo maior sensibilidade e a leitura automática do resultado da sequênciação: | |||
[http://www.dnalc.org/resources/animations/cycseq.html Cycle sequencing] | |||
Note que o resultado de uma sequenciação é um electroferograma, que depois é convertido em "As, Cs, Gs e Ts" por um programa informático. | |||
====Questões==== | |||
*O que é necessário para fazer uma reacção de sequenciação? | |||
*Que cadeia é sequenciada? | |||
*Porque se diz que a sequenciação pelo método Sanger é uma sequenciação por terminação? | |||
*Porque motivo a sequenciação não termina no primeiro nucleótido de cada tipo? | |||
*Considere o seguinte electroferograma de uma reacção de sequenciação de um DNA purificado. Que problemas consegue observar e porque sucedem? | |||
[[Image:2010_TP2_1.jpg | 700px]] | |||
* O segmento de DNA estudado nesta experiência tem 5 Kpb. Tendo em conta que apenas consegue determinar a sequência de 600-1000 nucleótidos em cada reacção de sequenciação, como dever proceder para analisar o fragmento completo? | |||
*Na imagem seguinte está representada o resultado de uma sequênciação de uma região genómica variável (polimórfica) de 2 indivíduos distintos. Qual o genótipo de cada indivíduo? | |||
[[Image:2010_TP2_2.jpg | 700px]] | |||
*Suponha que queria sequenciar o gene e o mRNA da beta-globina. Como deveria proceder? | |||
*Considere os resultados da sequenciação discutida no Caso de Estudo 1. | |||
# Que aspecto esperaria encontrar no electroferograma na região variável de cada indivíduo? | |||
# Se tivesse apenas acesso aos resultados da sequenciação da Maria, seria capaz de definir o seu genótipo com rigor? Justifique. | |||
*Com base na sequência do gene da beta-globina disponível na última TP e as técnicas de análise de sequências que tem vindo a aprender identifique as regiões do gene em que se localizam as alterações pontuais encontradas. | |||
====Para pensar==== | |||
*Se a sequenciação obriga ao conhecimento prévio de um pequeno pedaço de sequência, como foi possível efectuar as primeiras sequenciações? | |||
*Que estratégias terão sido usadas para sequenciar os milhões de nucleótidos dos vários cromossomas do genoma humano? | |||
Revision as of 16:43, 1 May 2010
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Sequenciação de DNAIntroduçãoAs sequências de genes e mRNAs com que temos vindo a trabalhar foram obtidas experimentalmente com base na técnica de sequênciação de DNA desenvolvida nos anos 70 por Fred Sanger. A seguinte animação explica o funcionamento da técnica: Sanger sequencing Actualmente utiliza-se uma versao mais moderna que recorre a DNA polimerases termoestáveis e nucleótidos fluorescents, permitindo maior sensibilidade e a leitura automática do resultado da sequênciação: Cycle sequencing Note que o resultado de uma sequenciação é um electroferograma, que depois é convertido em "As, Cs, Gs e Ts" por um programa informático.
Questões
Para pensar
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