IGEM:Chiba/2009/Miutes/2: Difference between revisions

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(New page: == 夏期休暇中議事・活動記録 == ===03/Aug/2009=== *VBL3階会議室 *13:00-22:00 *山本・野澤・井山 梅野先生、豊田先生、冨永さん、福富さん、古林さ...)
 
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== 夏期休暇中議事・活動記録 ==
<html><link rel="stylesheet" href="http://www.openwetware.org/index.php?title=Maiko_Furubayashi/Chiba2.css&action=raw&ctype=text/css" type="text/css" /></html>
 
 
== 夏期長期休暇中議事・活動記録 ==
===03/Aug/2009===
===03/Aug/2009===
*VBL3階会議室
*VBL3階会議室
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*山本・野澤・井山
*山本・野澤・井山
梅野先生、豊田先生、冨永さん、福富さん、古林さん、田代さんにpptでの発表を聞いていただきました。
梅野先生、豊田先生、冨永さん、福富さん、古林さん、田代さんにpptでの発表を聞いていただきました。
会議の詳しい内容は[[iGEM:Chiba/2009/Miutes/2/fe-sensor|鉄センサプロジェクト紹介ページ]]に記載しました。


①Fe 検出
・06ラテンアメリカ、07コロンビアイスラエルのFe promoterは使えるか微妙？
　レギュレーターがPartsにない。（http://partsregistry.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_I765000）（http://partsregistry.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_J3902）
　ラテンアメリカが使っていた論文（ http://mic.sgmjournals.org/cgi/content/full/150/7/2113）にもレギュレーターについての詳細な情報なし。


・もし07UCバークレーで鉄を扱ったモノがあるならば、使うべき。
===07/Aug/09===
*VBL3階会議室
*16:00-23:00
*山本・野澤
調べ物に一日費やしました。
成果は[[iGEM:Chiba/2009/Brainstorming/log#07.2FAugst.2F2009:.E8.AA.BF.E3.81.B9.E7.89.A9|ブレインストーミングのページ]]に載せました。


・大腸菌（またはそれ以外の生物）も鉄を感じる
　大腸菌から遺伝子もってきたら楽なので、探すべき。


・Fe3+は生物的に使えない。Fe2+を検出する。


・iron response element
===19/Aug/09===
http://en.wikipedia.org/wiki/Iron_response_element
*VBL3階会議室
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8710843
*10:00-27:00
http://www.pnas.org/content/93/16/8175
*山本・野澤・井山
合同練習会用のppt作成をしました。




②heme oxygenaseをどうやって放出するか。
===20/Aug/09===
自爆する。
*東京大学医科学研究所２号館２階大講義室（白金）
リゾチウムで出る。Partsでもある。
*10:00-16:00
鞭毛から生成。
*山本・野澤・井山
日本チームの合同発表練習会に行ってきました！
内容については[[iGEM:Chiba/2009/Miutes/2/japan|合同練習会報告ページ]]にて記載しています。




③Heme分解
===26/Aug/09===
・Heme oxygenaseを使った分解では、nadphが必要。(http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?R00311)
*VBL3階会議室
　nadphは大腸菌に添加して一緒に食べればいいのでは？高いけど。
*16:00-23:00
*山本・野澤・井山
これからの実験計画について先生方とミーティングを行いました。
内容については[[IGEM:Chiba/2009/Miutes/2/Weekly|こちら]]をご覧ください。


・酸性でも分解する（http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?R00310）
　oxygenaseをつかわなくても大丈夫そう。


===27-30/Aug/09===
*VBL3階会議室
*山本・野澤・井山
欲しいデータのイメージ、デモンストレーションの方法などを考えました。


④結合乗数・錯生成係数・キレート効果
・レギュレーターとHeme（Biliverdin）のどちらが、Fe2+との結合乗数が高いのか調べる。
　（だいたいHemeが10の4~5乗。センサが10の6~9乗らしい。…同じmol数なら勝てる？）


・Biliverdinはほっておくとまたすぐキレート形成しそう。さらに分解できないか。


・どのくらいFe2+がキャプチャーされるのか。夾雑物条件の中でいくらキャッチアップされるのか。
===31/Aug/09===
*VBL3階会議室
*15:00-21:00
*山本・野澤・井山
方波見さん、福冨さん、冨永さんに実験を始めるにあたっての講義をしていただきました。
内容は[[IGEM:Chiba/2009/Miutes/2/lecture|こちら]]にまとめました。


・低pH環境でヘムより強い結合乗数をもつセンサを使えばOK


・生体分析・血液の検査方法
===01/Sep/09===
　実際の条件を調べる：ポリフェリンの平衡をつくってから、分離（遊離）して、pH滴定で計る。
*VBL3階会議室
　→むしろデータ探せばありそう。
*10:00-21:00
 
*山本・野澤・井山
 
週報で実験の展望などを先生方と話し合いました。
⑤シリウス
内容は[[IGEM:Chiba/2009/Miutes/2/Weekly/2#.E8.AD.B0.E8.AB.96.E3.81.97.E3.81.9F.E5.86.85.E5.AE.B9|こちら]]に記載しました。
いまのままだとそこまでこだわる必要がない。
低pH環境にさらされる状態（つまり細胞外にでてしまった状態）での利用法を考えるべき。
 
 
⑥菌の生存＠胃
pH3ではE.coliは結構死ぬ。
ただだからといって、pHを上げると、胃とその他の消化器官との区別が曖昧になる。
他にLG21を真似してみてもいいのでは？
 
 
⑦pHセンサ
・既存のpHセンサではなくて、たとえばAHLなどの分子を使ったpHセンサシステムもできる。
・pHセンサで胃とその他を区別する場合、大腸菌の生存のために酸性の緩和を試みることはできない。（矛盾する。）pHせんさじゃなくても、胃とその他を区別することはできないのか？
 
 
⑧テーマについて
・point：
　肉を食べた人のものと結果の区別がつきにくい。
　現在のテーマだと胃と他の消化器官との区別が重要。
 
・別の応用例も考える
　フェナントロリンは夾雑物があるとNG
　土壌とかは？
　pH変化とFeセンサの他の使い道を考えるべき。

Latest revision as of 02:07, 3 September 2009

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夏期長期休暇中議事・活動記録

03/Aug/2009

  • VBL3階会議室
  • 13:00-22:00
  • 山本・野澤・井山

梅野先生、豊田先生、冨永さん、福富さん、古林さん、田代さんにpptでの発表を聞いていただきました。 会議の詳しい内容は鉄センサプロジェクト紹介ページに記載しました。


07/Aug/09

  • VBL3階会議室
  • 16:00-23:00
  • 山本・野澤

調べ物に一日費やしました。 成果はブレインストーミングのページに載せました。


19/Aug/09

  • VBL3階会議室
  • 10:00-27:00
  • 山本・野澤・井山

合同練習会用のppt作成をしました。


20/Aug/09

  • 東京大学医科学研究所２号館２階大講義室（白金）
  • 10:00-16:00
  • 山本・野澤・井山

日本チームの合同発表練習会に行ってきました！ 内容については合同練習会報告ページにて記載しています。


26/Aug/09

  • VBL3階会議室
  • 16:00-23:00
  • 山本・野澤・井山

これからの実験計画について先生方とミーティングを行いました。 内容についてはこちらをご覧ください。


27-30/Aug/09

  • VBL3階会議室
  • 山本・野澤・井山

欲しいデータのイメージ、デモンストレーションの方法などを考えました。


31/Aug/09

  • VBL3階会議室
  • 15:00-21:00
  • 山本・野澤・井山

方波見さん、福冨さん、冨永さんに実験を始めるにあたっての講義をしていただきました。 内容はこちらにまとめました。


01/Sep/09

  • VBL3階会議室
  • 10:00-21:00
  • 山本・野澤・井山

週報で実験の展望などを先生方と話し合いました。 内容はこちらに記載しました。

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