Bitan:todo: Difference between revisions

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='''Experimental Procedures'''=
='''Experimental Procedures'''=
===In vivo work protocols===
*[[Bitan:imageJ]]<br>
*[[Bitan:frozen section IHC]]<br>
*[[Bitan:parafin embedded tissue cutting and mounting]]<br>
*[[Bitan:brain protein extraction]]<br>
*[[Bitan:genotyping]]<br>
*[[Bitan:western]]<br>
*[[Bitan: parafin embedded IHC]]<br>
*[[Bitan:mouse handling]]<br>
*[[Bitan:mouse sac and tissue collection]]<br>
*[[Bitan:make subQ pumps]]<br>


===Aβ preparations===
===Aβ preparations===
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*[[Bitan:PCR Amplification of the Initial ssDNA Library for SELEX experiments|PCR Amplification of the Initial ssDNA Library for SELEX experiments]]<br>
*[[Bitan:PCR Amplification of the Initial ssDNA Library for SELEX experiments|PCR Amplification of the Initial ssDNA Library for SELEX experiments]]<br>
*[[Bitan:Agarose gel electrophoresis|Agarose gel electrophoresis]]<br>
*[[Bitan:Agarose gel electrophoresis|Agarose gel electrophoresis]]<br>
*[[Bitan:Measuring DNA concentration by absorbance|Measuring DNA concentration by absorbance]]<br>
*[[Bitan:Measuring DNA concentration by absorbence|Measuring DNA concentration by absorbence]]<br>
*[[Bitan:In-vitro transcription, labeling and G-50 purification of RNA|In-vitro transcription, labeling and G-50 purification of RNA]]<br>
*[[Bitan:In-vitro transcription, labeling and G-50 purification of RNA|In-vitro transcription, labeling and G-50 purification of RNA]]<br>
*[[Bitan:Calculating specific activity of hot CTP after calibration date|Calculating specific activity of hot CTP after calibration date]]<br>
*[[Bitan:Calculating specific activity of hot CTP after calibration date|Calculating specific activity of hot CTP after calibration date]]<br>
Line 23: Line 35:
*[[Bitan:TBE-urea-polyacrylamide gel electrophoresis and autoradiography|TBE-urea-polyacrylamide gel electrophoresis and autoradiography]]<br>
*[[Bitan:TBE-urea-polyacrylamide gel electrophoresis and autoradiography|TBE-urea-polyacrylamide gel electrophoresis and autoradiography]]<br>
*[[Bitan:Calculating the yield and specific activity of labeled RNA|Calculating the yield and specific activity of labeled RNA]]<br>
*[[Bitan:Calculating the yield and specific activity of labeled RNA|Calculating the yield and specific activity of labeled RNA]]<br>
*[[Bitan:Filter binding for SELEX|Filter binding for SELEX]]<br>
*[[Bitan:Extraction of RNA from filters|Extraction of RNA from filters]]<br>
*[[Bitan:Autoradiography of hot blots|Autoradiography of hot blots]]<br>
*[[Bitan:Autoradiography of hot blots|Autoradiography of hot blots]]<br>
*[[Bitan:Autoradiography of hot gels|Autoradiography of hot gels]]<br>
*[[Bitan:Autoradiography of hot gels|Autoradiography of hot gels]]<br>
Line 75: Line 89:
*[[Prion|Prion]]<br>
*[[Prion|Prion]]<br>
*[[IAPP|IAPP]]<br>
*[[IAPP|IAPP]]<br>
===Some Useful Software Usage Tips===
*[[EndNote|EndNote]]<br>
*[[Microsoft Word|Microsoft Word]]<br>


=other pages we need=
=other pages we need=

Revision as of 01:54, 24 December 2013

these are experiments that the wiki does not yet have a protocol for

Experimental Procedures

In vivo work protocols

Aβ preparations

Molecular Biology Methods for SELEX

Structural Studies

Protein Analysis

Cell Biology

Other amyloidogenic proteins

Aggregation (ThT Fluorescence & EM)

Fibrils


Toxicity

Some Useful Software Usage Tips

other pages we need

Guidelines
Lab Members
Bitan:Research
Publications
Bitan:Talks

[Back to Bitan page]

<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:x="urn:schemas-microsoft-com:office:excel" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head> <meta name=Title content="Molecular biology"> <meta name=Keywords content=""> <meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=macintosh"> <meta name=ProgId content=Word.Document> <meta name=Generator content="Microsoft Word 11"> <meta name=Originator content="Microsoft Word 11"> <link rel=File-List href="Methods%20list_files/filelist.xml"> <title>Molecular biology</title> <style> </style> </head>

<body bgcolor=white lang=EN-US link="#0000d4" vlink="#993366" style='tab-interval: .5in'>

Molecular biology<o:p></o:p>

Agarose gel electrophoresis<o:p></o:p>

Biology<o:p></o:p>

Barnes maze<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

TBE-urea gel electrophoresis<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Y-maze<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Autoradiography of hot blots<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Morris water maze<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Autoradiography of hot gels<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Novel object recognition<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Calculation of RNA and DNA concentration by absorbance<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Preparation of tweezers for subcutaneous pumps<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Calculation of hot RNA specific activity and yield<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Oral gavage<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Desalting of PICUP LMW Aβ40<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Paraffin embedding<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Dot blotting<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Subcutaneous pump surgery<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

ELISA<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Immunohistochemistry<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

ELONA<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

In vitro transcription<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Elution of RNA from columns<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Intracerebroventricular pump surgery<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Elution of RNA from filters<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Intravenous and subcutaneous injection<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Exonuclease reactions for ssDNA for SELEX<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Brain protein extraction<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Filter binding<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Mouse sacrifice, blood collection, and perfusion<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Hexokinase reactions<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Tissue ectioning and mounting<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Qiagen PCR product purification and measurement of DNA concentration, agarose electrophoresis<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Primary rat neurons<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

qPCR/ALISA<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Dendritic spine morphology<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Reverse transcription<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

TUNEL staining<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

RNA and DNA labeling<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

MTT<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

RNA extraction, precipitation, and purification<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

LDH<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Western blot<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

<a href="http://openwetware.org/wiki/Bitan:Cell_Culture">Basic PC12 cell culture</a><o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Use of Denville intensifying screens during autoradiography<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Scintillation counting using Triathler<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

PCR and use of specific primers for either SELEX methods, RNA or DNA SELEX<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

SATA conjugation to Aβ<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Biophysics<o:p></o:p>

<a href="http://openwetware.org/wiki/Bitan:Electron_microscopy">Electron Microscopy</a><o:p></o:p>

Peptide Synthesis<o:p></o:p>

<a href="http://openwetware.org/wiki/Bitan:Microwave-assistant_peptide_synthesis">Microwave-assisted peptide synthesis</a><o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

<a href="http://openwetware.org/wiki/Bitan:ThioflavinT_fluorescence">ThT fluorescence</a><o:p></o:p>

<![if !supportEmptyParas]> <![endif]><o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

CD<o:p></o:p>

<![if !supportEmptyParas]> <![endif]><o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

<a href="http://openwetware.org/wiki/Bitan:Dynamic_Light_Scattering">Dynamic light scattering</a><o:p></o:p>

<![if !supportEmptyParas]> <![endif]><o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

PICUP<o:p></o:p>

<![if !supportEmptyParas]> <![endif]><o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Image analysis (image J)<o:p></o:p>

<![if !supportEmptyParas]> <![endif]><o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

<a href="http://openwetware.org/wiki/Bitan:HFIP_Film_Preparation">HFIP treatment</a><o:p></o:p>

<![if !supportEmptyParas]> <![endif]><o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

Estimation of methionine sulfoxide reductase (Msr) activity by HPLC<o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

 <o:p></o:p>

<![if !supportEmptyParas]> <![endif]><o:p></o:p>

</body>

</html>

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